Пишу код для финального эпизода ролика.
В этом эпизоде будет про расплывчивость понятия вида в биологии.
Есть популяция, где все могут скрещиватся со всеми.
Всегда считал, что в этом случае будет достигаться максимальное разнообразие в популяции.

Для вычисления разнообразия, я сравниваю геном каждого организма с геномами всех остальных и вычисляю, на сколько нуклеотидов в среднем различаются два представителя популяции.
Разнообразие около 150 отличий.

Затем я разбиваю популяцию на 4 касты и теперь они могут скрещиватся только внутри своей касты.
Разнообразие резко возрастает.
Разрешаю скрещиваться всех со всеми, разнообразие падает.
И так два раза.

Я в шоке. Но быстро сообразил, что происходит.
Все касты начинают расходится в отдельные виды, отсюда и мнимый рост разнообразия, который я наблюдаю на графике.

На самом деле количество вариантов генома может и уменьшаться, просто они разбились на отдельные кластеры и стали разъежаться.

Попробовал это изобразить:

_____АААААА_____

А_____А____А_____А

Интерактивное погружение в теорию игр.
Эволюция доверия

https://notdotteam.github.io/trust/

Кстати, в интернетах креационисты часто требуют продемонстрировать появление новых видов.
Если в качестве примера предложить дога и чихуахуа, которые появились на глазах нескольких поколений людей, то они будут оспаривать это тем, что это один вид.
Хотя они совершенно разные.
В этом плане всё, что сейчас может появится, это только подвид какого то существующего вида.
Другого материала для эволюции нет.
Новый род, отряд, вид уже появится не может, уже прошло то время, когда Жизнь разделилась на эти категории. (систематики присвоили ярлыки)
Осталось только деление видов на подвиды.
Затем подвиды будут делиться на подподвиды....
Затем подподвиды будут делиться на подподподвиды....

"А вы покажите мне, как собака превращается в кошку (макака в человека,...), тогда и поверю в эту вашу эволюцию"

Проведём мысленный эксперимент:

Берём колонию одноклеточных эукариот (например, амёб) и помещаем их в благоприятную среду.

Берём колонию многоклеточных эукариот (например, губок или водорослей) и помещаем их в другую благоприятную среду.

Ждём миллионы лет и смотрим, где выше биоразнообразие.

Есть предположение, что более сложные организмы дадут на порядки большее разнообразие.

У них просто больше параметров, которые можно изменить и это открывает большее число комбинаций и сложных экологических ниш.

В истории Земли как раз и наблюдается этот эффект: большую часть времени всё было на уровне бактериальных плёнок и простейших одноклеточных, и резкий всплеск сложности и разнообразия произошел относительно недавно - во время Кембрийского взрыва (около 540 миллионов лет назад), когда сформировались основные типы многоклеточных животных.

То есть эволюция продемонстрировала экспоненциальный рост сложности и разнообразия, как только появился ключевой инструмент — многоклеточность.

То есть, по мере накопления сложности, скорость эволюции нарастает.
Но, возможно мы уже достигли предела биологической сложности и вышли на плато.

Если будем открывать новые планеты с Жизнью, то скорее всего это будет жизнь простейших.

Если придерживаться концепции "тёмный лес" из произведения "Задача трёх тел", мы должны их уничтожить (осуждаю), так как не успеем моргнуть, как они уже космическое пространство осваивают и угрожают нам.
Правда в книге шла речь про технологическую революцию, которая развивается экспоненциально.

https://www.youtube.com/shorts/u66jhxcZtJ0

Здесь в комментариях писали про взаимодействие летучих мышей, стрижей и прочих организмов при массовых полётах.
Вспомнил это видео с пчёлами.

Получается мы ближе к окуню, чем окунь к акуле?
Ближайший общий предок Человека и Окуня - это Древняя Костная Рыба ∼400−420 млн. лет назад
Ближайший общий предок Окуня и Акулы - это Челюстноротое Позвоночное ∼450 млн. лет назад

Ответ от Gemini:
В зависимости от используемой систематики, результаты могут быть разными. Именно кладистика поддерживает вывод о том, что человек ближе к окуню, чем окунь к акуле.

Традиционная (Линнеевская) Систематика
В традиционной систематике, основанной на внешнем и функциональном сходстве, доминирует понятие класса:

Окунь и Акула оба входят в класс Рыбы (Pisces) (в широком смысле). Они оба живут в воде, имеют жабры и плавники.

Человек входит в класс Млекопитающие (Mammalia).

Результат: Традиционно считается, что Окунь ближе к Акуле, потому что они разделяют класс "Рыбы", а человек отделен в класс "Млекопитающие".

Кладистика (Филогенетическая Систематика)
Кладистика игнорирует традиционные классы, если они не являются монофилетическими группами (кладами), то есть не включают всех потомков общего предка. Она фокусируется исключительно на времени расхождения ветвей.

1. Почему класс "Рыбы" неверен с точки зрения кладистики?
Класс "Рыбы" (Pisces) является парафилетической группой – он включает общего предка (ранних позвоночных) и большинство его потомков (акул, окуней), но исключает одну ветвь, которая произошла от этого предка — Четвероногих (Tetrapoda), к которым относится человек.

Если бы группа "Рыбы" была кладой, она должна была бы включать и человека.

В четверг на прошлой неделе ходил на посиделки IT-шников в Нижнем Новгороде. (Gorky DrinkUp)
Там одна из лекций была про 3d-принтеры.
Это кубик из металла, распечатанный на 3d принтере спикера.
Словно губка. Прозрачный, если смотреть под нужным углом. Детализация поражает.
Я бы пирамиду Серпинского или губка Менгера распечатал.

Искусство придумывать названия роликам, что бы охватить максимальную аудиторию.
Так решают гены или не решают?
PS: название для роликом придумывает не Северинов, а те блогеры, которым он даёт интервью.

Проблема близкородственных браков.
Каждый ген существует в двух вариантах, которые достались от матери и отца.
(А) - заглавная буква - здоровый ген
(а) - маленькая буква поломанный ген
У родственикоа с большей вероятностью поломаны одни и те же гены.
Например, в какой то семье поломан ген (А).
У представителей этой семьи обычно это выглядит так (Аа).
Так как есть здоровый вариант, то человек здоров.

При скрещивании двух представителей этой семьи
(Аа) + (Аа),
могут получится такие варианты:
(АА), (Аа), (аА), (аа)

То есть в половине случаев будет результат, как у родителей,
в четверти случаев ребёнок получит оба здоровых гена и
в четверти случаев будут два поломаных гена и это приведёт к смерти или тяжёлому генетическому заболеванию.

При скрещивании не родствеников, вероятность, что поломаны одни и те же гены намного меньше и вероятность получить ребёнка с тяжёлым генетическим заболеванием уменьшается.

А как вообще будет развиваться динамика распространения поломанных генов в популяциях, где:

- распространены близкородственные скрещивания
- близкородственные скрещивания редки?

Я взял два гена (А) и (B)

Есть близкие родственники (Аа ВВ) и (Аа ВВ) с поломанным геном (а).
Есть близкие родственники (АА Вв) и (АА Вв) с поломанным геном (в).

Составил две таблицы полученных потомков при близкородственных и дальнеродственных связях.
Всего получается 16 вариантов, как у потомков могут сложится гены.

И при близкородственных связях и при дальнеродственных в четверти случаев будут дети только с хорошими вариантами генов.
Половина детей будет иметь один плохой вариант, как и родители.

Разница только в последней четверти.
У близкородственных встретятся поломанные гены от обоих родителей и будет смерть или тяжёлое заболевание.
У дальнородственных четверть потомков будут носителями и поломанного варианта гена (а) и гена (в), но из за того, что второй вариант хороший, то они не будут иметь проблем со здоровьем.

Итог:
При близкородственном скрещивании, если носители двух поломанных вариантов выбывают из размножения, происходит своего рода очистка генома. В создании следующего поколения будет участвовать треть организмов без поломанных генов.

При дальнеродственном скрещивании в создании следующего поколения будут участвовать только четверть организмов без поломанных генов, а четверть с двумя поломаными генами (а) и (в).

Гипотеза 1: количество генетических заболеваний будет примерно таким же.
Если в популяции есть близкородственные связи, заболевания будут концетрироватся в них.
Если нет близкородственных связей, то генетические заболевания будут равномерно распределены по всей популяции, так как поломанные гены никуда не исчезают и рано или поздно в ком то встретятся два поломанных варианта.

Гипотеза 2: при некоторых условиях и жёстком отборе, близкородственные связи приводят к очищению генома от поломанных генов.

Это всё мои наивные предположения.
Если есть ошибки в рассуждениях, пишите.
Как нибудь сделаю симуляцию и посмотрю, как всё это в динамике происходит

В продолжение к предыдущему посту.
Пример затасканный, но интересный.

Серповидноклеточная анемия — классический пример того, как "плохой" ген может быть полезным в определенных условиях.

Ген отвечает за производство гемоглобина.

"Хороший" вариант гена (Аллель A): Создает нормальный, круглый гемоглобин. Эритроциты имеют форму диска и легко движутся по сосудам.

"Плохой" вариант гена (Аллель S): Создает дефектный гемоглобин. При нехватке кислорода эритроциты меняют форму и становятся похожими на серп или полумесяц.

Два "хороших" аллеля (AA): Человек полностью здоров, но уязвим к малярии.

Два "плохих" аллеля (SS): У человека развивается серповидноклеточная анемия - тяжелое генетическое заболевание.

Один "хороший" и один "плохой" аллель (AS): Такой человек является носителем гена серповидноклеточной анемии, но обычно не имеет симптомов болезни. Самое главное — он получает защиту от малярии.

Эта генетическая особенность (AS) чаще всего встречается в регионах, где исторически была распространена малярия — в основном в Африке к югу от Сахары, а также в некоторых частях Ближнего Востока и Индии.

Там, где малярия была главной причиной детской смертности, естественный отбор благоволил носителям аллеля S (генотип AS). Они выживали и передавали свои гены дальше, в то время как люди с генотипом АА часто умирали от малярии, а люди с SS — от анемии.

На ютубе в shorts у меня засилие роликов сгенерированных Sora.
В большинстве случаев это про то, как собаки или кошки спасают своих или человеческих детёнышей.
Причём на многих даже не убран логотип Sora, но это не мешает им собирать миллионы просмотров и сотни тысяч лайков.
В комментариях два лагеря.
Одни пишут, что это ИИ, другие восхищаются смелыми кошечками и пытаются убедить остальных, что это реальные съёмки.
Их даже не смущает присутствие логотипа от нейросети.
Что нас ждёт через несколько лет, когда качество сгенерированных видео вырастет ещё сильнее?
Пишите в комментах свои конспирологические, апокалептические прогнозы.

В каком то произведении-антиутопии была мысль, что не надо бороться с правдой, она сама утонет в потоке лжи. Правда не нашёл источник.

Кто нибудь может подобные задачи решать?
Своё решение я выложу в комментах, но я не знаю, верное ли оно.

предок - гтацт атгцг атцат ццтгг цтатц тагта тттца

штамм А - гтацт атгцг атцат цатгг ататц тагта гттца

штамм B - гтацт атгтг агцат ццтгг цтатц гацга тттца

штамм C - гтацт атгцг агцат цгтгг цтатц гагга татца

Забавно, что я как раз делаю ролик про молекулярные часы и построение филогенетических деревьев и мне присылают задачи по теме.
При этом сам я никогда подобные задачи не решал и просто погрузился в тему, удовлетворяя своё любопытсво. Параллельно делаю ролик по теме.
Так как я могу что то понимать не так, послал фрагменты ролика на рецензию биологу Илье Удалову. Он обещал посмотреть в пятницу.
Это кадры из ролика, где деревья строятся по генетическому расстоянию (количество несовпадений) и методом максимальной экономии (парсимони)

Кстати, на этой основе можно сделать логическую игру.
Игрок получает последовательности и должен выстроить правильное древо.
С каждым уровнем количество и длина последовательностей растёт.