oncomarker

🧬 PanSeer: тест, который обещал предсказывать рак за годы до симптомов.

Сегодня Анча Баранова (известный биолог и генетик, профессор Университета Джорджа Мейсона, известный популяризатор науки) пригласила меня в свой видео канал, чтобы обсудить раннюю диагностику рака. В процессе разговора она упомянула тест PanSeer — я, признаться, удивился. Никогда раньше о нём не слышал, хотя, как говорит Анча, в Калифорнии он вызвал большой интерес.

PanSeer — это тест, декларировавший о способности выявлять рак за 1–4 года до появления симптомов. Цифры впечатляют: чувствительность 95%, специфичность 96%, выявление бессимптомных форм рака желудка, кишечника, лёгких, печени и пищевода. Однако я не мог не поинтересоваться оригинальной публикацией .

🔍 Что вызвало вопросы?
Во-первых, биология процесса: откуда в крови берётся циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) на самых ранних стадиях рака? Если клетки живы и целы, а раковые клетки бессмертны, у них отсутствует апоптоз, их генетический материал в кровь не попадает.

Во-вторых, сама методология исследования вызывает вопросы: PanSeer опирается на данные крупного длительного исследования в Китае — более 123 тысяч взрослых в течение более десятилетия проходят мониторинг, сдаётся и хранится кровь, что само по себе представляет уникальную возможность для научных открытий. Даю описание:
Исследователями из 575 выявленных за 4 последних до 2017 года раковых и изначально бессимптомных пациентов, с диагностированным за эти года раками желудка, пищевода, толстой кишки, легких и печени, был отобран 221 образец "до постановки диагноза" В СООТВЕТСТВИИ С КРИТЕРИЯМИ ВКЛЮЧЕНИЯ, КОТОРЫЕ В СТАТЬЕ НЕ ПРИВЕДЕНЫ, А В ПРИЛОЖЕНИИ на которое ссылка НИЧЕГО О КРИТРИЯХ НЕ СКАЗАНО, и 221 здоровый образец из 110 501 здорового участника, где рак не был диагностирован в течение 5 лет, зеркально сопоставленных один к одному с аналогичным распределением по возрасту, полу и дате сбора. Также собрано 357 образцов после постановки диагноза из локальных медицинских биобанков и 357 здоровых образцов, зеркально им сопоставленных. Образцы с небольшим количеством уникально картирующих молекул ДНК были удалены (а также соответствующие им здоровые или раковые образцы), в результате чего осталось 191 образец до постановки диагноза, 223 образца после постановки диагноза и 414 здоровых образцов. Образцы были случайным образом разделены на обучающий набор для разработки модели и независимый тестовый набор для проверки модели в равном соотношении с использованием генератора случайных чисел. На основании данных был сделан вывод, что тест позволяет предсказывать появление рака на основании анализа крови за 4 года до манифестации заболевания.

И вот теперь после всего этого "кручу верчу обмануть хочу" видно, что в этом исследовании вызывает вопросы: Для исследования были отобраны 191 образец из 575 (это данные за 4 года) и 223 образца из 357, то есть, отбросили образцы по двум причинам:
1. НЕ НАШЛИ ДОСТАТОЧНОЕ КОЛИЧЕСТВО ГЕНЕТИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА В ОБАЗЦАХ и
2. Выкинули "зеркальные образцы" и статистически не равные группы
ПЕРЕВОЖУ С КИТАЙСКО-АНГЛИЙСКОГО - в образцах не было найдено метелированной ДНК. Исследователи не озаботились этим написав:"Samples with a low number of uniquely mapping DNA molecules were removed". Ну чего их исследовать - "это же просто неправильная "пробоподготовка".
3. Ну и последнее - из таблиц в статье видно, что специфичность теста составила 95%, то есть 5% от здоровых показали ложноположительный результат. Данных о поиске у них рака за три года последовавших за датой отбора до публикации в 2020 нет.

Заморочившись на "равномощности данных" учёные выбросили из исследования то, что нужно было искать - а именно наличие раковых ДНК и соответствие этого количества тому или иному раку и паттерну её фрагментов.

💡 Что дальше?
Тест в целом показал характеристики соответствующие тесту Gallery, но с большими оговорками.
Самое что главное во всем этом исследовании, по моему мнению - это то, что мы увидели, что скорость канцерогенеза может быть очень разной и часть раков растут до выявления до четырёх лет.

🔥6👍3❤2

www.group-telegram.com/us/oncomarker.com/213

788 viewsedited  May 30 at 21:24

🧬 PanSeer: тест, который обещал предсказывать рак за годы до симптомов.

Сегодня Анча Баранова (известный биолог и генетик, профессор Университета Джорджа Мейсона, известный популяризатор науки) пригласила меня в свой видео канал, чтобы обсудить раннюю диагностику рака. В процессе разговора она упомянула тест PanSeer — я, признаться, удивился. Никогда раньше о нём не слышал, хотя, как говорит Анча, в Калифорнии он вызвал большой интерес.

PanSeer — это тест, декларировавший о способности выявлять рак за 1–4 года до появления симптомов. Цифры впечатляют: чувствительность 95%, специфичность 96%, выявление бессимптомных форм рака желудка, кишечника, лёгких, печени и пищевода. Однако я не мог не поинтересоваться оригинальной публикацией .

🔍 Что вызвало вопросы?
Во-первых, биология процесса: откуда в крови берётся циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) на самых ранних стадиях рака? Если клетки живы и целы, а раковые клетки бессмертны, у них отсутствует апоптоз, их генетический материал в кровь не попадает.

Во-вторых, сама методология исследования вызывает вопросы: PanSeer опирается на данные крупного длительного исследования в Китае — более 123 тысяч взрослых в течение более десятилетия проходят мониторинг, сдаётся и хранится кровь, что само по себе представляет уникальную возможность для научных открытий. Даю описание:
Исследователями из 575 выявленных за 4 последних до 2017 года раковых и изначально бессимптомных пациентов, с диагностированным за эти года раками желудка, пищевода, толстой кишки, легких и печени, был отобран 221 образец "до постановки диагноза" В СООТВЕТСТВИИ С КРИТЕРИЯМИ ВКЛЮЧЕНИЯ, КОТОРЫЕ В СТАТЬЕ НЕ ПРИВЕДЕНЫ, А В ПРИЛОЖЕНИИ на которое ссылка НИЧЕГО О КРИТРИЯХ НЕ СКАЗАНО, и 221 здоровый образец из 110 501 здорового участника, где рак не был диагностирован в течение 5 лет, зеркально сопоставленных один к одному с аналогичным распределением по возрасту, полу и дате сбора. Также собрано 357 образцов после постановки диагноза из локальных медицинских биобанков и 357 здоровых образцов, зеркально им сопоставленных. Образцы с небольшим количеством уникально картирующих молекул ДНК были удалены (а также соответствующие им здоровые или раковые образцы), в результате чего осталось 191 образец до постановки диагноза, 223 образца после постановки диагноза и 414 здоровых образцов. Образцы были случайным образом разделены на обучающий набор для разработки модели и независимый тестовый набор для проверки модели в равном соотношении с использованием генератора случайных чисел. На основании данных был сделан вывод, что тест позволяет предсказывать появление рака на основании анализа крови за 4 года до манифестации заболевания.

И вот теперь после всего этого "кручу верчу обмануть хочу" видно, что в этом исследовании вызывает вопросы: Для исследования были отобраны 191 образец из 575 (это данные за 4 года) и 223 образца из 357, то есть, отбросили образцы по двум причинам:
1. НЕ НАШЛИ ДОСТАТОЧНОЕ КОЛИЧЕСТВО ГЕНЕТИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА В ОБАЗЦАХ и
2. Выкинули "зеркальные образцы" и статистически не равные группы
ПЕРЕВОЖУ С КИТАЙСКО-АНГЛИЙСКОГО - в образцах не было найдено метелированной ДНК. Исследователи не озаботились этим написав:"Samples with a low number of uniquely mapping DNA molecules were removed". Ну чего их исследовать - "это же просто неправильная "пробоподготовка".
3. Ну и последнее - из таблиц в статье видно, что специфичность теста составила 95%, то есть 5% от здоровых показали ложноположительный результат. Данных о поиске у них рака за три года последовавших за датой отбора до публикации в 2020 нет.

Заморочившись на "равномощности данных" учёные выбросили из исследования то, что нужно было искать - а именно наличие раковых ДНК и соответствие этого количества тому или иному раку и паттерну её фрагментов.

💡 Что дальше?
Тест в целом показал характеристики соответствующие тесту Gallery, но с большими оговорками.
Самое что главное во всем этом исследовании, по моему мнению - это то, что мы увидели, что скорость канцерогенеза может быть очень разной и часть раков растут до выявления до четырёх лет.

BY oncomarker