В тени грандиозных событий и последствий августовского путча 1991-го остаётся маленькая, но судьбоносная для Москвы деталь — ликвидация районной исполнительной власти и перехват её полномочий мэрией Москвы. Этот незаметный ход сыграет важнейшую роль в создании сверхцентрализованной городской власти, существующей в Москве по сей день.

Сразу после победы на первых выборах мэра Москвы в июне 1991 года Попов начал административную реформу: мэрия учреждала свои территориальные структуры — административные округа под руководством префектов и муниципальные районы под руководством супрефектов (теперь это главы управ). Эти структуры появились поверх уже существующих 33-х советских районов со своими советами депутатов и исполкомами. Тут же, естественно, началась битва за распределение полномочий между ними.

Хотя в районных советах Москвы по итогам выборов 1990 года было много оппозиции к КПСС, они оставались административно опутаны властью партии через её районные комитеты и районные исполкомы. Поэтому команда Попова решила сделать ставку не на усиление независимости райсоветов, а на создание параллельной структуры власти сверху, из мэрии.

В дни путча у мэрии появилась уникальная возможность сделать решающий шаг по отъёму власти у районов. 19 августа и.о. мэра Лужков (Попов возвращался из отпуска) издаёт распоряжения о ликвидации районных исполнительных комитетов. Локально это было мерой противостояния путчу, потому что ГКЧП мог опираться на райкомы. Позже Попов напишет в мемуарах:

«Нас много критиковали за перестройку аппарата Москвы. Теперь же стало ясно, что наш замысел был верным. Районное звено, ориентированное на райком КПСС, нам удалось дезорганизовать. А новые структуры — округа административные и округа муниципальные — аналогов (и соответственно «кураторов») в партийной структуре не имели».

Однако в более глобальной перспективе этот шаг заложит основу для аномального безвластия органов МСУ в Москве, поскольку мэрия так никогда и не отпустит сконцентрированную в те дни исполнительную власть.